При приседании Фримен двигается быстрее.
Консоль не активируется.
HD Pack не может быть установлен.
Магазин пистолета Глок 17 содержит 18 патронов вместо 17.
Фримен может нести до 25 гранат Mk 2 вместо 10.
Гранаты не взрываются в руках, сколько бы Фримен их ни удерживал.
Можно бросать гранаты дальше.
Поднятый MP5 уже имеет 50 патронов.
При поднятии дробовика нет 4 запасных зарядов.
Звук помпы дробовика всегда слышится в правильное время.
Ящики содержат 30 зарядов для дробовика или пистолета вместо 12 и 17 соответственно.
Прыжковый модуль для HEV похож не на джет-пак, а на батарею.
Батареи выглядят по-другому.
Ни пистолет, ни MP5 не перезаряжаются автоматически при опустошении магазина.
Отсутствует режим скорострельного огня для пистолета.
После взрыва в испытательной лаборатории, если игрок вернется назад к своему поезду, то в Half-Life Day One вторая дверь будет уже открыта, нежели оригинале в Half-Life 1

Glock 17
Гвоздодёр
Гранаты Mk 2
SPAS-12
Лазерные мины-ловушки (только в виде ловушки HECU; игрок ими не пользуется)
MP5